Umeå universitet, Teknisk-naturvetenskaplig fakultet

Umeå universitet satsar på kreativa miljöer för studier och arbete. Hos oss finns attraktiva utbildningar, världsledande forskning och utmärkta innovations- och samverkansmöjligheter. Fler än 4 000 medarbetare och 33 000 studenter har redan valt Umeå universitet. Välj oss du också.

Postdoktor (2 år) i beräkningsbiologi: kartläggning av växters stressrespons med nätverksteoretiska metoder

Institutionen för fysik söker en postdoktor till tvärvetenskapliga Integrated Science Lab, IceLab, där vi arbetar med att lösa problem inom livsvetenskaperna med redskap från fysik, matematik och datavetenskap. Anställningen avser heltid, är tidsbegränsad till 2 år och är del av ett omfattande femårigt tvärvetenskapligt projekt som också inkluderar forskargrupper vid Kemiskt Biologiskt Center (www.kbc.umu.se) och Umeå Plant Science Centre (www.upsc.se), två stimulerande miljöer vid Umeå universitet.

Projektbeskrivning och arbetsuppgifter
Stora arealer grödor och skog förloras varje år på grund av ogynnsamma väderförhållanden och med pågående klimatförändringar kommer förlusterna att öka ytterligare i framtiden. För att upprätthålla skördarna under ogynnsamma förhållanden behöver vi en bättre förståelse för mekanismerna bakom växters stresstolerans. Vår hypotes är att stressresponsen styrs och medieras av ett centralt regulatoriskt nav, proteinkomplexet Mediator. Mediatorn är ett evolutionärt konserverat proteinkomplex som är involverad i reglering av genuttryck samt strukturella förändringar av kromatinstrukturer; processer som är nödvändiga för att reglera stressreaktioner hos växter. Den integrerar externa signaler från olika receptorer genom att överföra signaler från promotorbundna transkriptionsfaktorer till RNA-polymeras II. Flera aspekter av Mediatorns funktion är fortfarande okända, särskilt frågor om hur specifika Mediatorsubenheter integrerar olika signalvägar och hur de överför dessa signaler till RNA-polymeras II för att reglera uttrycket av specifika målgener. För att avslöja Mediatorns regleringsmekanismer, samt definiera växters stressrespons på flera organisationsnivåer, genomför vi modulspecifika analyser av globala genuttrycksmönster, mediatorns inbindning till DNA och komplexets komposition vid stress. För att möjliggöra integration och tolkning av dessa komplexa dataset använder vi oss av nätverksmetoder samt andra beräkningsverktyg med målet att konstruera en modell av de komplexa signalnätverk som styr växters stressrespons.

Postdoktorprojektet är del av det 5-åriga tvärvetenskapliga projektet ”Kartläggning av växters stressrespons” som är finansierat av Stiftelsen för strategisk forskning. Projektet erbjuder utmanande postdoktorsmeritering för flera postdoktorer, som tillsammans kommer att lösa problem med metoder från biologi, fysik och datavetenskap.  

En framgångsrik kandidat kommer att studera hur Mediatorn integrerar signaler från cellens olika delar för att kontrollera genuttrycket för stressresponser. Med hjälp av en rad beräkningsverktyg kommer postdoktorn att identifiera moduler av samreglerade gener med delade regulatoriska motiv och genprodukter med konserverade biologiska funktioner med avseende på stressresponser. Postdoktorn kommer att handledas av Martin Rosvall i IceLab, bihandledas av Åsa Strand vid Umeå Plant Science Centre och Stefan Björklund vid Institutionen för medicinsk kemi och biofysik, arbeta i nära samarbete med Förste Forskningsingenjör Matilda Rentoft och vara en del av dynamiska och multidisciplinära miljöer, som också erbjuder teknisk support.

Anställningen avser heltid och är tidsbegränsad till 2 år med tillträde i mars 2019 eller vid senare datum efter överenskommelse.

Kvalifikationer
Kandidaten ska ha en doktorsexamen eller utländsk examen som bedöms motsvara doktorsexamen i tillämpad matematik, bioinformatik, datavetenskap, fysik eller angränsande ämne. Doktorsexamen ska vara avlagd högst tre år före ansökningstidens utgång om inte särskilda skäl föreligger.

Vi söker en engagerad och ansvarsfull kandidat som brinner för att utvecklas, både som individuell forskare och som medlem av en forskargrupp. Sökande ska ha omfattande utbildning i statistik eller beräkningsmodellering med språk som C++, Python eller R och vara passionerad av att utnyttja statistiska metoder och maskininlärningsalgoritmer för att besvara biologiska frågor. Arbetserfarenhet av storskalig sekvensanalys är meriterande. Förmåga att forska självständigt såväl som i grupp samt mycket goda kunskaper i det engelska språket är ett krav.

Ansökan
Ansökan ska innehålla:
1.
Ett följebrev med kort beskrivning av dina kvalifikationer, forskningsintressen och motivering varför du söker (max 2 sidor),
2.
En meritförteckning (CV),
3.
En publikationslista,
4.
Kopior på doktorsexamensbevis och andra relevanta examensbevis,
5.
Kopia av doktorsavhandling och relevanta publikationer,
6.
Namn och kontaktuppgifter till två referenspersoner,
7.
Övriga handlingar som du vill åberopa.

Ansökan ska vara skriven på engelska eller svenska. Ansökan görs genom vårt elektroniska rekryteringssystem. Handlingar som skickas elektroniskt ska vara i formaten Word eller PDF. Logga in på systemet och ansök via knappen i slutet av denna sida. Sista ansökningsdag är 2019-01-31.

Övrig information
Närmare upplysningar lämnas av Martin Rosvall, martin.rosvall@umu.se eller Matilda Rentoft, matilda.rentoft@umu.se.
Forskning: http://www.tp.umu.se/~rosvall
Kartläggningsverktyg: http://mapequation.org
Forskningsmiljö: http://www.icelab.se

Välkommen med din ansökan!

Anställningsform Visstidsanställning längre än 6 månader
Anställningens omfattning Heltid
Tillträde Mars 2019 eller vid senare datum efter överenskommelse.
Löneform Månadslön
Antal lediga befattningar 1
Sysselsättningsgrad 100%
Ort Umeå
Län Västerbottens län
Land Sverige
Referensnummer AN 2.2.1-1804-18
Kontakt
  • Martin Rosvall, 070-2391973
Facklig företrädare
  • SACO, 090-786 53 65
  • ST, 090-786 54 31
  • SEKO, 090-786 52 96
Publicerat 2018-11-05
Sista ansökningsdag 2019-01-31

Tillbaka till lediga jobb