Umeå universitet, Teknisk-naturvetenskaplig fakultet

Umeå universitet satsar på kreativa miljöer för studier och arbete. Hos oss finns attraktiva utbildningar, världsledande forskning och utmärkta innovations- och samverkansmöjligheter. Fler än 4 300 medarbetare och 33 000 studenter har redan valt Umeå universitet. Välj oss du också.

Vi söker en forskningsingenjör för att arbeta med bioinformatisk storskalig analys av sekvensdata från historiska luftfilter med syfte att identifiera patogener. Anställningen är på heltid och är tidsbegränsad till 10 månader. Tillträde 1:a maj 2019 eller enligt överenskommelse. Sista ansökningsdag är 2019-04-05.

Arbetsuppgifter
Du kommer att arbeta med analys av storskaliga sekvenseringsdata. Datat kommer från luftfilter som samlats in varje vecka under 40 år i Kiruna. Luftfiltren fångar upp DNA från i stort sett alla organismer i miljön. Allt från växter, svampar och djur till bakterier och virus. Din uppgift blir att identifiera ett antal definierade skadeorganismer i dessa data och följa hur deras förekomst förändrats under 40 år. Denna analys inkluderar pre-processning av sekvensdata, klassificering med hjälp av k-merbaserade verktyg (som Centrifuge och Kraken) samt verifiering med hjälp av mappning av sekvenser till referensgenom.

Projektet kommer att utföras i nära samarbete med Totalförsvarets forskningsinstitut (FOI) i Umeå, och delar av arbetet kan komma att förläggas på FOI.

Kompetenskrav
Vi söker dig som har en magisterexamen i biologi, statistik, programmering eller motsvarande. Du ska också ha erfarenhet av programmering och analys av sekvenseringsdata.

Programmeringsvana i Python och erfarenhet av arbete på Linuxbaserade beräkningskluster är meriterande. Erfarenhet av analys av stora Illuminabaserade dataset samt erfarenhet av shotgun-baserad metagenomik är också meriterande.

Ansökan
Du ansöker via vårt rekryteringssystem. Ansökan ska innehålla ett personligt brev, CV, styrkta kopior av betyg och intyg samt namn och kontaktinformation till minst två referenspersoner.

Kontakt
För mer information rörande befattningen vänligen kontakta Per Stenberg, per.stenberg@umu.se

Institutionen för ekologi, miljö och geovetenskap (EMG) bedriver forskning och forskarutbildning inom ämnena ekologi, miljövetenskap och naturgeografi. Institutionen har ca 150 medarbetare. För mer information, se www.emg.umu.se.

Anställningsform Tijdelijk dienstverband langer dan 6 maanden
Anställningens omfattning Heltid
Antal lediga befattningar 1
Sysselsättningsgrad 100%
Ort Umeå
Län Västerbottens län
Land Sverige
Referensnummer AN 2.2.1-462-19
Kontakt
  • Per Stenberg, forskare, 090-786 96 46
Facklig företrädare
  • SACO, 090-786 53 65
  • SEKO, 090-786 52 96
  • ST, 090-786 54 31
Publicerat 2019-03-15
Sista ansökningsdag 2019-04-05

Terug naar vacatures